بن زانغ

قبل انضمامه إلى جامعة محمد بن زايد للذكاء الاصطناعي، شارك البروفيسور زانغ بعمق في تطوير أدوات تحليل بيانات الأوميكس باستخدام تقنيات التعلّم العميق والذكاء الاصطناعي الأخرى، حيث ركّز عمله على تطبيق هذه الأساليب على مجموعات بيانات الأوميكس واسعة النطاق للكشف عن الآليات التنظيمية الجينية المرتبطة بالأمراض مثل السرطان والاضطرابات الوراثية، ولا سيما تلك المتعلقة بتنظيم الحمض النووي الريبوزي. ومع التحوّل الجذري الذي يشهده مجال علوم الحياة بفعل الذكاء الاصطناعي، يهدف البروفيسور زانغ إلى دمج بيانات الأوميكس المتعددة باستخدام الذكاء الاصطناعي لنمذجة وتصميم العمليات البيولوجية المعقدة. وستركّز أبحاثه المستقبلية على بناء نموذج أساسي قابل للتفسير لعرض المستضدات، ونمذجة تنظيم الأشكال الجزيئية المناظرة للحمض النووي الريبوزي (RNA isoforms) على مستوى الخلية الفردية. ويخطط لاستخدام تعبير الأشكال المناظرة (Isoform Expression) بدلاً من تعبير الجينات الأكثر شيوعًا حاليًا، بهدف تمييز أنواع الخلايا وحالاتها والحقول الحركية الزمكانية (spatiotemporal velocity fields)، وذلك لبناء شبكات تنظيم جيني تتمحور حول الحمض النووي الريبوزي. وتسعى هذه الجهود إلى سد الفجوات الحرجة في النماذج البيولوجية الأساسية الحالية، والمساهمة في تعزيز الفهم الكمي والتصميم المنطقي للأنظمة الحية.

• زمالة أبحاث ما بعد الدكتوراه في مركز أبحاث العلوم الحاسوبية الحيوية بجامعة الملك عبد الله للعلوم والتقنية (كاوست)
• زمالة بحثية في معهد علوم السرطان في سنغافورة، الجامعة الوطنية في سنغافورة
• دكتوراه في علم الأحياء الحاسوبي من معهد الشراكة بين الأكاديمية الصينية للعلوم وجمعية ماكس بلانك لعلم الأحياء الحاسوبي، معاهد شنغهاي لعلوم الحياة، الأكاديمية الصينية للعلوم
• طالب دكتوراه مشترك في معهد برلين لبيولوجيا الأنظمة الطبية، مركز ماكس ديلبروك للطب الجزيئي
• بكالوريوس هندسة في المعلوماتية الحيوية من كلية علوم الحياة والتكنولوجيا، جامعة هواتشونغ للعلوم والتكنولوجيا

تشمل أبرز الإسهامات:

• إنشاء أول مصدر شامل لأحداث قص الحمض النووي الريبوزي (RNA splicing) داخل المناطق غير المترجمة (UTRs)، مما أدى إلى اكتشاف آلية تنظيمية جديدة تُظهر أن قص 3’ UTR المنتشر عبر أنواع السرطان يعزز التعبير عن الجينات المسرطنة ويُسهم في تكوّن الأورام.
• بناء أول أطلس نصي كامل لعلم تقنيات نسخ سرطان القولون والمستقيم باستخدام تقنية التسلسل الطويل للحمض النووي الريبوزي أحادي الخلية، واقتراح مفهوم جديد في علم مناعة الأورام يوضح أن المعالجة غير الطبيعية للحمض النووي الريبوزي تُنتج مستضدات جديدة مشتركة بين عدة أورام.
• تطوير مجموعة من أدوات تحليل بيانات الأوميكس، من ضمنها أول نظام ذكاء اصطناعي مساعد مؤتمت بالكامل لتحليل بيانات الأوميكس المتعددة.

نشر البروفيسور زانغ أكثر من اثنتي عشرة ورقة بحثية بصفته المؤلف الأول أو المؤلف المشارك الأول أو المؤلف المراسل في مجلات علمية رائدة مثل مجلة نيتشر لبيولوجيا الخلية (Nature Cell Biology)، ومجلة نيتشر لعلم الوراثة (Nature Genetics)، ومجلة سِل جينوميكس لعلم الجينوم (Cell Genomics)، ومجلة أبحاث الجينوم (Genome Research)، ومجلة العلوم المتقدمة (Advanced Science).

• دراسة بعنوان: An AI Agent for Fully Automated Multi-omic Analyses، قام بإعدادها كل من Zhou, J.*, Zhang, B.*, Chen, X., Li, H., Xu, X., Chen, S., ... & Gao, X.، ونُشرت في مجلة العلوم المتقدمة، عام 2024، تحت رقم 2407094.
• دراسة بعنوان: An Isoform-Resolution Transcriptomic Atlas of Colorectal Cancer from Long-Read Single-Cell Sequencing، قام بإعدادها كل من Li, Z., Zhang, B.,#, Chan, J. J.*, Tabatabaeian, H., Tong, Q. Y., Chew, X. H., ... & Tay, Y.، ونُشرت في مجلة سِل جينوميكس لعلم الجينوم (Cell Genomics)، عام 2024، المجلد 4، العدد 9، تحت الرقم 100641.
• دراسة بعنوان: Deciphering DNA Variant-Associated Aberrant Splicing with the Aid of RNA Sequencing، قام بإعدادها كل من Zhang, B., & Gao, X.، ونُشرت في مجلة نيتشر لعلم الوراثة (Nature Genetics)، عام 2023، الصفحات 1-2.
• دراسة بعنوان:  Accurate Transcriptome-Wide Identification and Quantification of Alternative Polyadenylation from RNA-seq Data with APAIQ، قام بإعدادها كل من Long, Y., Zhang, B.,#, Tian, S.*, Chan, J. J., Zhou, J., Li, Z., ... & Gao, X.، ونُشرت في مجلة أبحاث الجينوم (Genome Research)، عام 2023، المجلد 33، العدد 4، الصفحات 644-657.
• دراسة بعنوان: Pan-Cancer Pervasive Upregulation of 3′ UTR Splicing Drives Tumourigenesis، قام بإعدادها كل من Chan, J. J., Zhang, B., Chew, X. H., Salhi, A., Kwok, Z. H., Lim, C. Y., ... & Tay, Y.، ونُشرت في مجلة نيتشر لبيولوجيا الخلية (Nature Cell Biology) ، عام 2022، المجلد 24، العدد 6، الصفحات 928-939.
• دراسة بعنوان:  CRISPR-iPAS: A Novel dCAS13-Based Method for Alternative Polyadenylation Interference، قام بإعدادها كل من Tian, S., Zhang, B., He, Y., Sun, Z., Li, J., Li, Y., ... & Chen, W.، ونُشرت في مجلة بحوث الأحماض النووية (Nucleic Acids Research)، عام 2022، المجلد 50، العدد 5، تحت الرقم e26.
• دراسة بعنوان: Global Analysis of Regulatory Divergence in the Evolution of Mouse Alternative Polyadenylation، قام بإعدادها كل من Xiao, M. S., Zhang, B., Li, Y. S., Gao, Q., Sun, W., & Chen, W.، ونُشرت في مجلة الأنظمة الجزيئية البيولوجية (Molecular Systems Biology)، عام 2016، المجلد 12، العدد 12، الصفحة 890.