عزيز خان

عمل البروفيسور خان قبل انضمامه إلى جامعة محمد بن زايد للذكاء الاصطناعي باحثًا علميًا أول في معهد ستانفورد للسرطان بجامعة ستانفورد، حيث قاد فريقًا في مجال المعلوماتية الحيوية وطوّر بنية تحتية قابلة للتوسّع لتحليل مجموعات بيانات السرطان متعددة الأوميكس واسعة النطاق. وساهم في عدد من الاتحادات البحثية الكبرى بين المؤسسات، بما في ذلك شبكة أطلس الأورام البشرية (HTAN) وشبكة أبحاث الانبثاث (MetNet) . كما شغل منصب محاضر في علوم الحياة في جامعة ستانفورد حيث قام بتصميم وتدريس مقرر حول فنون العلوم القابلة للتكرار. امتدت مسيرته الأكاديمية، التي شملت مرحلة الدكتوراه وما بعد الدكتوراه، إلى دراسة آليات تنظيم الجينات، وركّز خلالها على تطوير أدوات ومصادر في علم الجينوم التنظيمي. وعلى مدى أكثر من خمس سنوات في معهد ستانفورد للسرطان، وسّع نطاق اهتماماته إلى علم الجينوم السرطاني من خلال مشاركته في اتحادات بحثية كبرى لفهم عمليات حدوث الطفرات والتغيرات في الحمض النووي التي تؤدي إلى نشوء السرطان وتطوره. إلى جانب أبحاثه، يُعدّ البروفيسور خان من الداعمين البارزين لمبادئ العلوم المفتوحة، وقابلية تكرار الأبحاث، والتعاون في علم الأحياء الحاسوبي. وقد طوّر أدوات ومصادر معلوماتية حيوية مستخدمة على نطاق واسع، مثل JASPAR وIntervene و dbSUPER وUniBind، والتي أصبحت مراجع أساسية في مجال الجينوم التنظيمي ودراسة ارتباط عوامل النسخ. كما أنه مدرّب معتمد من مؤسسة The Carpentries ، حيث يقدّم تدريبًا عمليًا في مجال البرمجيات وعلوم بيانات الجينوم. ويجسّد التزامه بالبحث العلمي المفتوح من خلال أدواره كسفير مجتمعي لكلٍّ من مجلتي eLife وASAPbio، حيث يروّج بشغف لمبادئ الشفافية وسهولة الوصول في النشر العلمي. انخرط البروفيسور خان في التدريس والإشراف الأكاديمي، فصمّم وقاد مقررات في التكرار الحاسوبي والمعلوماتية الحيوية وتحليل بيانات الأوميكس المتعددة. كما نظم العديد من الورش والبرامج التدريبية حول العالم والتي مكن من خلالها الباحثين الناشئين من اكتساب المهارات اللازمة للتعامل مع مجموعات البيانات الجينومية واسعة النطاق. كما أنه يولي اهتمامًا خاصًا بتطوير علم الأحياء الحاسوبي والجينوميات التطبيقية في بلدان الجنوب العالمي.

• زميل ما بعد الدكتوراه في مركز الطب الجزيئي النرويجي (NCMM)، جامعة أوسلو، النرويج
• دكتوراه في المعلوماتية الحيوية من جامعة تسينغهوا، الصين
• ماجستير في علوم الحاسوب من الجامعة الوطنية لعلوم الحاسوب والتقنيات الحديثة، باكستان
• ماجستير في تقنية المعلومات من جامعة القائد الأعظم، باكستان
• بكالوريوس في الرياضيات والفيزياء من كلية فورمان المسيحية، باكستان

• منحة تبادل علمي، تحالف علوم الحياة – EMBL وجامعة ستانفورد، عام 2023
• عضو منتسب، مركز علوم البيانات بجامعة ستانفورد – مركز العلوم المفتوحة والقابلة لإعادة الإنتاج (SDS-CORES) (2024–2025)، عامي 2024-2025
• شهادة تدريس في مجالات العلوم والتكنولوجيا والهندسة والرياضيات، مركز دمج البحث والتدريس والتعلم (CIRTL)، جامعة ستانفورد، الولايات المتحدة الأمريكية، عام 2024
• شهادة محترف إدارة المشاريع (PMP)، معهد إدارة المشاريع، عام 2024
• مدرب معتمد من مؤسسة "هيكليات" (The Carpentries) – عام 2023
• مستشار أكاديمي، جامعة نمال، باكستان (2021 – 2023)
• منحة تنقل من برنامج إيراسموس+، المفوضية الأوروبية، 2019
• عضو لجنة مراجعة البرامج، مؤتمر المصادر المفتوحة في المعلوماتية، الأعوام 2020 - 2024
• زمالة السفر من مؤسسة المعلوماتية الحيوية المفتوحة (OBF) – عام 2019
• منحة الدكتوراه الكاملة من المجلس الصيني للمنح الدراسية (CSC) – من عام 2012 إلى عام 2016
• جائزة الرسالة الدكتوراه المتميزة (المركز الثاني)، جامعة تسينغهوا، الصين – عام 2016
• مالة السفر لمؤتمرات تنظيم البيانات الحيوية (Biocuration Conferences) – عامي 2018 و2019
• زمالة BioVision.Next من الأكاديمية العالمية للعلوم (TWAS) – عامي 2013 و2014
• منحة السفر البحثية، من هيئة التعليم العالي (HEC)، باكستان – عامي 2012 و2016
• سفير مجتمعي، ASAPbio – من عام 2020 إلى عام 2022
• سفير مجتمعي، eLife – من عام 2018 إلى عام 2020
• رئيس مشارك للجنة الويب، المجلس الطلابي للجمعية الدولية للمعلوماتية الحيوية (ISCB Student Council) – من عام 2016 إلى عام 2019
• منظم نادي مجلة ENCODE، جامعة تسينغهوا – من عام 2013 إلى عام 2014

يقوم البروفيسور خان بدمج علم الأحياء الحاسوبي، والجينوميات (والجينوميات اللاجينية)، وتعلم الآلة، وهندسة البرمجيات لفهم تنظيم الجينات في الأمراض مثل السرطان. ويقود مختبره تطوير أدوات وأساليب وبُنى تحتية مفتوحة المصدر ومتقدمة لتحليل البيانات متعددة الأوجه وتصويرها وتفسيرها، سواء كانت متعددة الأوميكس، أو النماذج، أو الأعراق، بهدف فك شفرة الجينوم غير المشفر وتمكين الطب الدقيق، وطب الأورام الدقيق. وقد نشر البروفيسور خان أكثر من 30 بحثًا علميًا محكّمًا في مجلات رائدة، تناولت مواضيع متنوعة تشمل الجينوميات، والجينوميات اللاجينية، وتعلم الآلة، والسرطان، وسياسات العلوم، وقد تم اقتباس أوراقه البحثية أكثر من 8,800 مرة.

• دراسة بعنوان: Complex rearrangements fuel ER+ and HER2+ breast tumors، قام بإعدادها كل من            Houlahan KE*, Mangiante L*, Sotomayor-Vivas C*, Adimoelja A*, Park S, Khan A, Pribus S, Ma Z, Caswell-Jin J, Curtis C.، ونشرت في مجلة نيتشر تحت رقم 10.1038/s41586-024-08377-x
• دراسة بعنوان: Germline-mediated immunoediting sculpts breast cancer subtypes and metastatic proclivity، قام بإعدادها كل من       Houlahan KE, Khan A, Greenwald NF, Sotomayor-Vivas C, West RB, Angelo M, Curtis C. ، ونشرت في مجلة ساينس، عام 2024، 384 (6699)، تحت رقم 10.1126/science.adh8697
• دراسة بعنوان: Deterministic evolution and stringent selection during pre-neoplasia، قام بإعدادها كل من        Karlsson K, Przybilla MJ, Kotler E, Khan A, [13 co-authors], Curtis C. ، ونشرت في مجلة نيتشر،  العدد 618، الصفحات 383–393، عام 2023.
• دراسة بعنوان: Somatic variant detection from multi-sampled genomic sequencing data of tumor specimens using the ith.Variant pipeline، قام بإعدادها كل من Maeser N، Khan A، Sun R، ونشرت في مجلة STAR Protocols، المجلد 4، العدد 1، رقم المقال 101927، عام 2022.
• دراسة بعنوان: Molecular classification and biomarkers of clinical outcome in breast ductal carcinoma in situ: Analysis of TBCRC 038 and RAHBT cohorts، قام بإعدادها كل من Strand SH، [7 co-authors]، Khan A، [32 co-authors]، Curtis C، Tibshirani R، Angelo RM، Hall A، Owzar K، Polyak K، Maley C، Marks JR، Colditz GA، Hwang ES، West RB، ونشرت في مجلة Cancer Cell عام 2022، تحت الرقم 10.1016.
• دراسة بعنوان: Changing scientific meetings for the better، قام بإعدادها كل من Sarabipour S، Khan A وآخرون، ونشرت في مجلة Nature Human Behaviour، المجلد 5، الصفحات 296–300، عام 2021.
• دراسة بعنوان: BiasAway: command-line and web server to generate nucleotide composition matched DNA background sequences، قام بإعدادها كل من Khan A، Riudavets Puig R، Boddie P، Mathelier A، ونشرت في مجلة المعلوماتية الحيوية (Bioinformatics) ، المجلد 37، العدد 11، الصفحات 1607–1609، عام 2021.
• دراسة بعنوان: JASPAR 2018: update of the open-access database of transcription factor binding profiles and its web framework، قام بإعدادها كل من Khan A، Fornes O، Stigliani A* وآخرون، ونشرت في مجلة Nucleic Acids Research، المجلد 46، العدد D1، الصفحات D260–D26، عام 2018.
• دراسة بعنوان: Intervene: a tool for intersection and visualization of multiple gene or genomic region sets، قام بإعدادها كل من Khan A†، Mathelier A†، ونشرت في مجلة BMC Bioinformatics، المجلد 18، الصفحة 287، عام 2017.